工厂离职时扣除培训费是否合法，需结合具体约定和法律规定判断。
1. 若工厂与员工签订了合法的培训协议，明确约定了专项培训费用、服务期，且员工在服务期内主动离职，则工厂扣除培训费（违约金）合法，但扣除金额不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
2. 若工厂未提供专项培训费用，或培训属于内部常规岗前培训、岗位技能普及培训，则离职扣除培训费不合法。
3. 若员工因工厂存在未足额支付工资、未依法缴纳社保等违法行为被迫离职，即使有服务期约定，工厂也不得扣除培训费。
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工厂离职时，员工在处理培训费扣除问题上常存在以下错误操作。
1. 忽视证据收集：员工离职后未及时保存培训协议、工资条（显示扣款记录）、培训费用凭证等，导致后续维权时无法证明工厂扣款违法，丧失胜诉机会。
2. 主动签订不合理协议：部分员工在入职时未仔细阅读培训协议，盲目签订包含过高培训费、过长服务期的条款，离职时才发现需承担大额违约金，陷入被动。
3. 超过仲裁时效维权：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若员工离职后超过一年才就培训费扣款申请仲裁，即使工厂扣款违法，也可能因时效经过无法获得支持。
若您已出现上述错误操作，或不确定如何补救，建议尽快咨询律师，避免权益进一步受损。
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工厂离职扣除培训费的合法性，核心依据是《中华人民共和国劳动合同法》第二十二条。
《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）第二十二条规定：“用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训的，可以与该劳动者订立协议，约定服务期。劳动者违反服务期约定的，应当按照约定向用人单位支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用。用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。”
结合问题，若工厂能证明为员工提供了专项培训（如外部专业机构技能培训、付费认证培训等）并实际支付费用，且与员工约定了服务期，员工在服务期内主动离职，则工厂扣除培训费（违约金）符合该条款；若培训是工厂内部免费岗前培训，或未约定服务期，则扣除行为违反该条款，不合法。
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工厂离职扣除培训费，可能存在以下法律风险点。
1. 工厂违法扣款的经济赔偿风险：若工厂无合法依据扣除培训费，员工通过仲裁或诉讼维权后，工厂不仅需返还扣款，还可能因未及时支付劳动报酬，被裁决支付额外的经济补偿金。例如：员工月薪5000元，工厂违法扣除2000元培训费，仲裁可能裁决工厂返还2000元，并额外支付500元（25%经济补偿金）。
2. 员工违约的违约金支付风险：若员工在服务期内主动离职，且工厂有合法的培训协议和费用凭证，员工需支付违约金。例如：工厂为员工支付10000元专项培训费，约定服务期2年，员工工作1年后离职，则需支付5000元违约金。

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